Logiciels
Les membres de BioSTM valorisent les développements sous forme de packages ou de librairies open source.
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Rozenholc, PlasmaMutationDetector2 (R package CRAN) : Détection de mutations tumorales à partir de l’analyse du plasma en NGS avec barcodes, 2022.
Desaulle, Y. Rozenholc, DArand (R package CRAN) : Randomisation intensive pour l’analyse différentielle en transcriptomique, développé en 2022.
E. Curis, SARP.compo (R package CRAN) : Analyse des données compositionnelles et d’expression différentielle (RT-qPCR, RNA-Seq…). MàJ 2021.
E. Curis, V. Lasserre, SARP.moodle (R package CRAN) : génération de questions au format XML pour le logiciel Moodle à partir de scripts R et de fichiers csv. MàJ 2021.
Verbanck, D. M. Jordan et R. Do, HOPS (R package GitHub): Score de pléiotropie horizontale à partir de données résumées de GWAS, 2019.
Verbanck, CY Chen, B.Neale et R. Do, MR-PRESSO (R package GitHub): Détection et correction de la pléiotropie horizontale en randomisation mendélienne, 2018.
Rozenholc, LaplaceDeconv (R package) : Deconvolution de type Laplace, 2017.
Nicolis, RatiosCI (R package GitHub): Confidence intervals for ratios of two random variables, MàJ 2022.
Nicolis, pyCoA (python package pypi): A class implementing Correspondence Analysis in python, MàJ 2023.
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